前回のおさらい 作戦司令本部がマザーシップの攻撃を受け、壊滅。しかし、地下へと避難した総司令官及びオペレーターたちは任務を続行する。すでに人類の敗戦は濃厚と思われる中、神話上の存在である”卵型の船”、”神”を探し出し、倒すことだけが最後の希望に…